Βιβλιοθήκη
Στους χώρους του Μουσείου Ναυτικής Παράδοσης υπάρχει μία πλούσια εξειδικευμένη Βιβλιοθήκη, με ελληνικούς και ξένους τίτλους βιβλίων (ιστορικά, αρχαιολογικά, ναυπηγικά, ναυτιλιακά κ.α.). Η Βιβλιοθήκη αυτή συνεχώς εμπλουτίζεται, με σύγχρονα αλλά και παλαιότερες εκδόσεις, τόσο από δωρεές όσο και από αγορές σπάνιων βιβλίων από δημοπρασίες αλλά και δωρεές στο Μουσείο.
Στο σημείο αυτό, ειδική μνεία πρέπει να γίνει σε σπάνια έγγραφα και βιβλία που διαθέτει η Βιβλιοθήκη του Μουσείου Ναυτικής Παράδοσης όπως:
Το ιστορικό έγγραφο «Ελληνική Πολιτεία», το οποίο αφορά την πώληση προς την Κυβέρνηση Καποδίστρια της ιστορικής Ναυαρχίδας «Λεωνίδας», του Ψαριανού Στόλου, ιδιοκτησίας του Ψαριανού Ναυάρχου, Νικολή Αποστόλη, 1830.
Η δίκη του ναυτικού, Κοκόρη-Σαχούρη, 1870.
Η Ναυμαχία του Ναυαρίνου, Δ. ψωμά, 1923.
Το Ελληνικό Ναυτικό διαμέσου των αιώνων, Γ.Ε. Γεωργακόπουλου, 1923.
ΑΡΓΩ, Γ. Θετόκη, 1936.
Χρονικά του Ελληνικού Βασιλικού Ναυτικού, Γ. Φωκάς, 1923.
Το Ναυτικό του Βυζαντίου, Κ. Ράδου, 1920.
Νέος Ναυτικός Συνέκδημος, Α’ & Β’ τόμος, Β. Εργαστηριαδη, 1883.
Ελληνικός Αυτοκρατορικός Στόλος, Κ. Σαράφη – Πιτζιπίου, 1907.
Ομήρου Οδήσσεια, Α Κωνσταντινίδου, 1891.
Ιστορία του Ελληνικού Ναυτικού, Ι. Θεοφανίδου, 1925.
Θωρακίτου Εγχειρίδιο, Η. Κανελλόπουλου, 1887.
Ιατρικός Ναυτικός Οδηγός, Ι.Τσαμπρή, 1896.
Το ναυτικό των αρχαίων, Μ. Γούδα, 1930.
Βίος Αντρών – Κριεζή Α. Μιαούλη, 1877.
Ιστορία της νήσου Ύδρας, 3 τόμοι, Α. Λιγνού, 1946.
Ιστορία της νήσου Ύδρας, Γ.Δ. Κριεζή,1860.
Βίος Δ. Γ. Παπανικολή εκ Ψαρρών, Γ. Παπασλιώτου, 1865.
Appolloni, Rhodi argonautica, Grece, 1827.
Περί της παλίρροιας του Ευρίπου, Α. Μιαούλη, 1882.
Ο 1ος Κανονισμός της Ελληνικής Εμπορικής Ναυτιλίας, Ν. Κονόμος, 1803.
Βάρδια, Ν. Καββαδία, 1945.
Θαλασσινά, Α. Μαμμέλη, 1925.
Indian Archipelago, A. Findlay, 1870.
Πορτολάνος Μεσογείου και Ελλαδικού Χώρου, Αμστερνταμ, 1670.
Μαθήματα ναυτικών ατμομηχανών, Σ. Αϊτάκη, 1889.
Εγχειρίδειο Αρμενιστού,Α.Σακελλάριου, 1915.
Πραγματεία τακτικής του κατά θάλασσαν πολέμου, Ι. Ε. Θεοφανίδου, 1908.
Καθήκοντα και υποχρεώσεις πλοιάρχου Ε.Ν., Κ. Κατσαμπή, 1930.
Υπόμνημα της Νήσου Ψαρών, 2 τόμοι, Κ. Νικοδήμου, 1862.
Ιστορία του Ναυτικού των Αρχαίων Ελλήνων, Jurien della Graviere, 1890.
Απόσπασμα Ναυτικής Επιστήμης, Π.Γ. Μαϊμού, 1872.
Νέος Πρωρεύς, Ι. Μαυρομμάτου, 1867.
Εγχειρίδιο Εξαρτισμού & Χειρισμού, Η. Φ. Κανελλόπουλου, 1876.
Η καταστροφή των Ψαρών, 1878.
Πίνακες αποστάσεως εις μίλια, Υδρογραφική Υπηρεσία Π.Ν., 1927.
Απολογισμός Διαχειρίσεως του Α/Π Βασιλεύς Γεώργιος, 1915.
Μελέτη περί υποθήκης πλοίων, Π. Χρυσανθόπουλου, 1891.
Βοηθός του Πλοιάρχου Ε.Ν. και εφοπλιστού, Ι. Μπουμπουλή, 1920.
Ονοματολόγιο Ναυτικού, Εθνικό Τυπογραφίο, 1884.
Τα 4 πρώτα ναυτικά φυλλάδια του ΝΑΤ, αρχές 20ου αιώνα.
Περί ευθύνης των ιδιοκτητών των πλοίων, Γ. Λαζαρίμου, 1884.
Εγχειρίδιο Οιακιστού, Σ. Κουσουλίνου, 1887.
Τα Εκκλησιαστικά :
Ανακαλύψεως Θεού, Πενταπόλεως Νεκτάριος Κεφαλάς, 1892.
Εξομολογητήριο, Ν. Μιχαλόπουλος, 1900.
Αγιασματάριο, 1890.
Ιερά Χριστομάθεια Βασ. Μεγάλου, 1898.
Μεγάλου Βασιλείου, Α. Μιχαλακέα, 1881.
Διδαχαί, Α. Μαζαράκη, 1880.
Βίον και πράξεις, Σταυρακιώτη, 1871.
Και πολλά άλλα σπάνια έγγραφα και βιβλία, επιστημονικά περιοδικά και εφημερίδες ναυτικού και ιστορικού περιεχομένου.